Le jeu prend place dans le même univers que Bravely Default, plusieurs années après les événements du premier jeu. Le jeu décrira à nouveau un monde d'aventures, d'épées et de magie. Magnolia Arch est l'un des nouveaux personnages introduits dans le jeu en tant que nouveau protagoniste. Elle viendrait apparemment de la lune de ce monde, et est la dernière de sa race après l'attaque d'un démon sur sa terre natale.