Redevable envers les mauvaises personnes, avec sa vie en jeu, vétéran de la cavalerie américaine et désormais mercenaire, Booker DeWitt dispose d'une opportunité unique pour effacer son ardoise. Il doit secourir Elizabeth, une mystérieuse jeune femme emprisonnée depuis sa plus tendre enfance et enfermée dans la ville flottante de Columbia.